この青空に約束を―

本州から少し離れたところにある南栄生（みなみさこう）島。かつては賑やかだった島も、島の産業の大部分を占めていた出水川重業の撤退により過疎化が進み、主人公・星野航が通う高見塚学園の生徒数も減っていった。

そんな島にある高台の上に、学園の旧校舎を改装した学生寮『つぐみ寮』がある。学生の減少にともない現在は主人公とヒロインたちのみが住んでいるその寮は、島の住人からは主人公のハーレムだと噂されている。そんな寮になぜかこの時期にやってきた転校生も巻き込み、時には反発したりしながらもドタバタと楽しい毎日を過ごしていく。